Previsione teorica: Sebbene il metabolismo dell'antrachinone nei mammiferi non sia ancora stato studiato, è possibile ipotizzare un percorso simile a quello dell'antracene. L'antrachinone (1) viene ossidato ad opera dal citocromo P450 al corrispondente 1,2-epossido (2), che viene quindi idrolizzato per via enzimatica (epossido idrolasi) a 1,2-diidro-9,10-diosso-antracen-1,2-diolo (3), oppure isomerizzato a 2-idrossiantrachinone (5). Entrambi i metaboliti possono essere espulsi attraverso l'urina, dopo essere stati derivatizzati con l'acido glucuronico o l'anione solfato (4 e 6).
Per un meccanismo di degradazione alternativo del 2-idrossiantrachinone (5), si rimanda alla pagina corrispondente.